三千院的起源是公元788年日本名僧最澄法師在睿山東塔的梨樹下所建造的一間小寺院，時代際遇中在京都市內多次遷移，於1871年落地於此地。寺院名稱「三千院」自1871年開始被使用，在三千院之前此寺院曾經被稱「梶井門跡」、「梶井御所」、「梶井宮」、「梨本門跡」、「円徳院」等。
三千院與妙法院、青蓮院、曼殊院以及毗沙門堂同屬天台宗五門跡寺院，因此也有別名「三千院門跡」。所謂的「門跡」寺廟，其實指的是日本皇族出家或是寺廟住持是皇族的寺廟。1118年日本堀河天皇的第二皇子最雲法親王到三千院出家，成為第一位到三千院出家的皇族，從此以後，三千院歷代住持都由日本皇族擔任。在1156年，最雲法親王還被任命為天台座主（天台宗的最高職位），此後，歷代天台座主輩出，三千院也因此在日本佛教史上獲得崇高的地位。
三千院的最重要景點是正殿－往生極楽院。往生極楽院是日本藤原時期(894年~1285年)建造的49間常行堂(念佛堂)中唯一現存的御堂(安置佛像的殿宇)，其中供奉著國家級重要文化遺產主尊阿彌陀佛像和兩邊的伺像。此外還有舉行重要法事的宸殿和客殿等建築，據說是由豐臣秀吉捐贈。
三千院最吸引人的景點在於滿是苔蘚覆蓋的美麗庭院「有清園」和「聚碧園」。靜候於此，看著被青苔填滿的地面，享受四時不同的花木所帶來的樂趣，極為修身養性，難怪從從古時起就有許多高貴之人在三千院遠離塵俗、遁入佛道的。尤其在秋天，青苔與紅葉交相輝映，是三千院別具一格的風景。但其實，無論哪個季節，三千院都值得一遊。春天櫻花燦漫，梅雨時期繡毬花爭相綻放，秋天緋紅楓葉和金黃色銀杏葉浪漫醉人，冬天白雪覆蓋，四季皆風情，無論何時前來，都是美景如畫、倍感治癒。
此外，三千院中的「翁地藏」石像和故事也是遊客們頗感興趣的。
